한국기독교총연합회 공동회장으로서 이단면죄부 자료집인 <정통과 이단> 집필에 관여한 조성훈 목사를 한기총이 제명하려는 움직임을 보이자 조 목사가 9월 13일자로 공동회장직을 사임한다고 전격 발표했다.
조 목사는 기자와의 전화 통화에서 “한기총이 <정통과 이단>의 재확인 검증 작업을 인정하지 않고 아무 잘못도 없는 나를 제명하려고 한다”며 “죄없이 (제명돼서) 신문에 오르내리며 오해를 사느니 사임하는 게 좋겠다고 생각했다”고 사임 입장을 밝혔다.

 조 목사는 또한 한기총을 향해 “예장연이 책을 통해 발표한 게 있으면 그 내용이 맞는지 틀린지 재확인하고 검증도 하고 공청회도 열어야 한다”며 “한기총이 일방적으로 예장연을 이단 옹호하는 단체라는 식으로 몰고 있다”고 비판했다. 또한 조 목사는 “올 연말 쯤 <정통과 이단>Ⅱ를 발간할 계획”이라며 <정통과 이단> Ⅱ에서 재검증할 대상과 단체가 이미 선정돼 있긴 하지만 아직 말할 단계가 아니라고 말했다.

한편 이단면죄부 자료집인 <정통과 이단>을 통해 한국교회에 물의를 일으켰던 예장연은 9월 13일 대책위원회를 열고 한기총에 대해 강력대처하기로 결의했다. 예장연은 “<정통과 이단>에 대해 한기총이 그동안 본회를 폄훼하는 각종 내용과 가입교단 탈퇴 강요 등 예장연 해체 등을 조장하고 있다”며 “길자연 목사를 업무방해 및 명예훼손혐의로 사법당국에 고소키로 정식 결의했다”고 밝혔다. 이와 함께 한기총 총무인 박천일 목사도 허위사실을 유포한 혐의로 고발키로 결정했다.
또한 <정통과 이단>이 발간된 이후 이에 대해 비판적으로 보도한 일부 언론에 대해 불건전 사이비 언론으로 규정했다.