서울YMCA 김윤식 회장이 이사, 위원에게 보낸 최근의 사태에 대한 해명성 서한에 대해 Y개혁재건회의측이 강한 반발을 하고 나섰다.
11월 11일자로 발송된 김 회장의 서한은 자신과 표용은 이사장을 향한  문제제기에 대해 해명으로 일관하고 있다. 김 회장은 서한에서 이사회의 개최 장소이동은 부득이했으며, 정족수에 문제가 없었다며 자신의 선출과정에 문제가 없다고 주장했다. 또 비자금과 관련하여 이사회에서 조사위원회를 구성해 조사하고 있으며, 보복인사로 전해지는 인사문제 또한 각 운동영역별간 이해의 폭을 넓히는 차원이었다고 주장했다.

이상과 같은 내용의 서한이 전달되자 Y개혁재건회의는 즉각 반박문을 발표했다. Y개혁재건회의 임건묵 사무국장 명의로 발표된 반박문에서 “김 회장의 서한은 자신의 잘못을 정당화하고, 개혁세력을 매도하려는 의도가 드러난 것”이라고 말했다. 또한  회장을 선임한 이사회의 정족수는 확인불가능한 상태였다고 강조하고, 비자금 조사위원회도 이사회 소속인 이상 올바른 조사를 기대할 수 없다고 지적했다. 또 회장 선임 절차상 하자를 지적해 온 대표적인 두 인물이 인사조치 된 것은 명백한 보복성 인사이며, 인사관리규정에 규정된 전문성과 직급에 따른 인사에 정면으로 반하는 행동이라고 주장했다. Y개혁재건회의는 반박문을 통해 서울Y문제의 두 핵심인물인 표 이사장과 김 회장의 사퇴를 다시 한번 촉구했다.