신사도운동 이단성 판단 및 단 사상 사이비 종교 규정과 이단과 이단성에 대한 세분화와 인터콥 연구 그리고 장례식장 헌화와 영정 앞에서 기도하는 것에 대한 성경적 입장을 예장합동 신학부가 연구한 다. 또 십일조 부정에 대한 변증서 출간도 연구에 포함되었다.

예장합동(총회장 백남선 목사)이 신학부(부장 김유문 목사) 11월 17일 임원회와 실행위원회에서 사업계획을 논의하고 위 5가지를 연구하되 소위원회를 구성해 맡기기로 했다. 그러나 인터콥 문제는 이미 작년 제98회 총회에서 ‘교류단절’로 결의된 바 있어서 실행위원회에서 격론이 오갔으며, 편향적 연구를 우려하는 비판이 거세던 것으로 알려졌다.

<기독신문>은 신학부 서기 정희수 목사가 “총회 소속 중진 목회자 중에 인터콥과 교류하고 있는 인사가 많다. 따라서 무조건 단절하는 것은 무리가 있고 연구를 해야 한다”고 주장하면서 “총회에서 결의된 사항이기 때문에 다뤄야 한다”고 강조한 것으로 보도했다. 또 성남용 목사는 “인터콥 안에는 850명의 선교사가 있다. 한국 선교에 차지하는 비중이 크다”면서 “대표도 총회 소속 선교사로 바꿨다. 따라서 교류금지로 못을 박을 것이 아니라 진전된 내용이 있는지 점검해야 한다”고 주장했으며 “인터콥의 주장이 이원론적이냐”는 질문에 “극단적인 부분이 있다”면서도 “문제점을 지적하고 계도하면 된다”고 강조했다고 전했다.

반면, 신학부 총무 전희문 목사는 “이미 제98회 총회에서 다룬 것”이라고 강조했고, 사일환 목사는 “세계적으로 영향이 있는 것과 신학적으로 문제 있는 것은 엄연히 다르다”면서 “인터콥을 점검하기도 전에 옹호하는 것은 옳지 않다. 교단의 정체성에 맞게 연구해야 한다”고 지적했으며, 김문갑 목사도 “특정 인사가 관여되어 있다고 긍정적으로 다루는 것은 맞지 않다”면서 “더군다나 노회를 통한 헌의안도 아닌 것을 신학부가 다룰 수 있느냐”고 반문했다는 것이다.